Dezinfectarea este cel mai important lucru, deoarece prezența germenilor este nedorită în cazul producției de hidromel. Tot echipamentul folosit în producția hidromelului necesită o dezinfectare termică sau chimică, în funcție de natura materialului utilizat; sticla, de exemplu, poate fi sterilizată și prin încălzire și cu ajutorul substanțelor chimice uzuale, în vreme ce furtunul de cauciuc nu va putea fi sterilizat prin încălzire, ci doar cu ajutorul substanțelor chimice. Este bine de știut faptul că plasticul se zgârie mai ușor decât sticla și în finele zgârieturi își pot găsi un loc favorabil mai multe tipuri de bacterii nedorite în procesul fermentării. Tocmai de aceea, este de preferat să folosim un vas de sticlă pentru fermentare.
Substanțele chimice folosite pentru dezinfectare sunt clorul (1 linguriță la 3,5 l apă) și alți detergenți casnici, de preferat fără miros, pentru a nu își lăsa amprenta asupra produsului finit. Mai pot fi folosite metabisulfitul de sodiu și de potasiu și chiar apa oxigenată. Se poate înmuia totul pentru 15 minute în apă cu clor și apoi se clătește bine fiecare lucru cu multă apă, până ce dispare orice urmă de miros de clor. Toate obiectele dezinfectate se pun într-un vas mai mare dezinfectat în prealabil, evitând atingerea lor de alte obiecte nedezinfectate.
